这首诗作的解读向来存在分歧，众说纷纭。有人将其视为追忆逝者的篇章，有人看作是表达爱国情怀的佳作，还有人认为是在比较自身文采的议论，亦有人解释为抒发对侍女锦瑟的思念之情。其中，解读为悼念亡人的观点最为普遍。有研究者提出，诗篇开头将瑟弦五十根折半为二十五根，暗指逝者年华正好二十五岁。这种说法不免有些生硬牵强。不过，从首联来看，哀悼早逝之情确实真切流露。庄子葬妻时敲击陶盆放声歌唱，望帝死后化作杜鹃鸟啼出血泪，这两个故事从侧面展现了人世间的悲欢聚散，人生无常。鲛人掉泪会生出珍珠，美玉在特定时刻会散发出烟雾，这些典故含蓄地描绘了世间万物的朦胧不清，美好事物往往可望而不可即。最后表达生前对爱情的轻视，死后回忆却已茫然，这种失落感难以释怀。
宋刘攽所著《贡父诗话》中提到：《锦瑟》这首诗的含义，人们大多不明白，有人认为它是令狐楚家婢女的诗。而《苕溪渔隐丛话》前集卷二十二收录了黄朝英《缃素杂记》的内容，其中写道：李商隐《锦瑟》诗写道……黄庭坚读到这首诗时，实在不理解它的意思，后来向苏东坡请教。苏东坡回答说：《古今乐志》记载：锦瑟这种乐器，它的琴弦有五十根，琴柱的数量也与之相同。它的音色有四种特质，分别是和谐、哀怨、清亮、平和。‘李诗’中‘庄生’的比喻恰当；‘望帝’的典故表达哀怨；‘沧海’的意象象征高洁；‘蓝田’的描绘体现平和。这些诗句在单篇作品里，将情感抒发得淋漓尽致。史书记载他作品风格雄奇古朴，确实如此。元好问《论诗绝句》提到：‘望帝’的思念寄托在‘杜鹃’；‘佳人’用‘锦瑟’抒发对青春的伤感。诗人们普遍欣赏‘西昆体’的精美，只是遗憾缺少人能作详细的注解；这些关于‘青衣’（指涉情爱）的解读属于小说家的说法；而谈论‘锦瑟’的观点得到了宋代人的认可。明人胡应麟于此二说皆疑之。后来说法很多，主要有“抒发个人经历”（清代何焯、汪师韩、薛雪、宋翔凤提出）的说法、“哀悼逝者”（清代朱鹤龄、朱彝尊、何焯、冯浩、程梦星、姚培谦以及现代张采田、孟森等主张）的观点、“政治寓意”（清代杜诏，现代张采田、岑仲勉等认为）的看法、“诗作引言”（清代何焯、王应奎提出）的解释、“寓意含糊”（清代屈复，现代梁启超指出）的看法、“自我创作表达”（钱钟书提出）的主张等。主张“哀悼逝者”或“感伤自身”观点的人数量不少。然而“哀悼逝者”其实也是“感伤自身”的一部分内容，所以“感伤自身”的学说显得更为周全。现在引述刘、余的《集解》供参考：“感伤自身遭遇的说法，比较贴切公允。……第一联提到看到这五十根弦的锦瑟，听到它每一根弦发出的哀怨声音，不由得感伤地回想起自己青春岁月的往事。颔腹二联，就是通过追忆往昔美好的岁月来抒发情感，……‘庄生’句描述瑟声的虚幻缥缈，如同梦境一般难以捉摸，其核心在于‘梦’和‘迷’这两个字，……这种意境也象征着诗人的人生经历如同幻影一般，充满了迷茫和困惑，……‘望帝’句则表现瑟声的悲怆哀婉，仿佛杜鹃鸟啼血般凄厉，重点在于‘春心’和‘托’这两个字，……‘春心’原本指对爱情的渴望和追求，也常用来比喻对理想的向往。……所谓‘望帝’云云，大约是将个人的壮志豪情以及感时伤世、身世飘零的情怀寄托在哀婉凄绝的诗歌之中，如同望帝化身为杜鹃来抒发内心的悲怨，杜鹃便是诗人灵魂的化身。……‘沧海’云云，描绘瑟声的清冷孤寂、悲怆凄苦，其中暗含着被埋没的珍宝之意。……‘蓝田’云云，仿佛在描摹瑟声的缥缈隐约，或许用以比喻自己所向往追求的事物，看起来似乎就在眼前，但靠近了却又无法触及。要而言之，颔联和腹联并非详细描述青春岁月的往事，而是借助琴声的迷离、悲凉、孤寂、缥缈来总体表达青春时期所经历的种种人生际遇、人生境界、人生感受。尾联的意思很清晰，说上述的失意哀伤之事，并非等到今天回忆起来才感到无比惆怅，就是在当时就已经迷茫失落了。
关于这首诗的解读主要分为两类：
这首诗被看作是怀念亡妻王氏的作品，第一联以“景”入题，因见素女弹奏五十弦瑟而心生感触；第二联用“喻”的手法，借庄生化蝶、杜鹃泣血来象征妻子的离世；第三联写“幻”，珍珠为之垂泪，宝玉因而悲伤；最后一联抒“感”，表示情意已断，追忆也徒增伤感。
第二点看法是诗人抒发对往昔岁月的怀念，开头一句是“起”，用五十弦瑟来象征人生的五十载春秋；中间两句是“承”，在不知不觉中人生即将走到终点；接着两句是“转”，拿光华夺目的宝物来比喻自己的才华；最后两句是“合”，感叹时光流逝使人衰老，一切都将变得茫然无措！